人类的理智从来不满足于“知其然”，总要弄明白“其所以然”，所以任何科学理论不可能停留在对经验事实的描述，必须对事实何以如此发生给予合理的解释。实际上，早于达尔文很多年，人们发现生物演变的事实，就提出了生物进化的思想，恩格斯指出：“卡弗，沃尔弗②在1759年对物种不变进行了第一次攻击，并且宣布了种源说。但在他那里不过是天才「的预见的东西，到了奥肯③、拉马克、贝尔④那里才具有了确定的形式，而在整整一百年之后，即1859年，才被达尔文胜利地完成了。”那么，为什么进化论到达尔文手里才初告大成？其中一个很重要的原因就是他提是供了一个比较合理的解释，从理论上正确地阐明了生物进化的机理。
物种是演变的，这是事实，可演变的原因是什么？物种为什么会变异？为什么物种竟然呈现出一种由简单到复杂、由低级到高级的进化呢？在达尔文之前，已有一些进化论者试图解答这个问题，但他们的解答或偏离事实，或过于牵强附会。达尔文总结、扬弃了前人的学说，并注意从其他学科的学术思想中吸取养料，经过多年辛勤的探索和紧张的思考，提出了自然选择学说，以此来解释生物进化的事实。自然选择说主要包括以下三个和谐统一的内容：
(l)生存斗争的理论。生殖过剩与生存条件的有限这一矛盾是地球上的物种被淘汰的外在原因之一。
(2)遗传性发生变异的理论。虽然变异的机制并不清楚，但普遍发生变异的事实不容否认，达尔文以此说明物种演变的内在原因。
(3)适者生存的理论。生存条件一直在变化，如果物种的变异适合于变化的环境，那么就在生存斗争中取得胜利而发展；如果物种的变异不适宜于它当时生存的条件，那么就趋于衰减或灭亡。
这样，达尔文基于自然界本身的事实和矛盾，为我们大致描绘了生物进化的机制，各种关键的问题在他这里都有了比较合理的、有事实佐证的回答。新的物种怎么出现的呢？因为旧的物种会变异。很多物种为什么灭绝了？因为它们承受不住生存斗争的压力。为什么现存生物与环境的关系是那么和谐呢？因为无数变异之中的某些变异恰好符合环境的选择。至于为什么低等类型的生物到处存在，达尔文写道： “这是不难理解的，因为自然选择即最适者生存，不一定包含进步性的发展一自然选择只利用有利于处在复杂生活关系中的生物的那些变异。”
这里，需要着重指出的是：达尔文在论证观点时，巧妙运用事实的能力是很值得我们借鉴的。他没有像拉马克那样，把自己的学说大量建立在猜测之上。这样说是否意味着达尔文用事实解答了一切问题？不是。他巧妙运用事实的能力在于：一方面，当他并不能提供事实何以如此发生的机制时，他便声明，目前的科学尚不能解开事实之谜；同时，他动用各方面的大量材料来证明这是事实。这样，虽没有解释“所以然”，但使大家还是容易相信他所说的是符合事实的。例如，关于变异的机制和遗传的机理，达尔文都无法给予合理的解释，他承认：“我们对于变异规律深深地无知。我们能提出这部分或那部分为什么发生变异的任何原因的，在一百个例子中还不到一个。”关于遗传，他说：“遗传的法则是不可思议的，这是未来科学的事情。”自己无法回答的，就不轻易猜测和下结论，以避免让无把握的猜測降低理论的可靠性。但变异和遗传的事实是客观存在、抹杀不了的，于是达尔文就将丰富的材料摆在读者面前，这就使人读来不能不信，而把对原因的探讨寄希望于未来的科学。另一方面，当他解释事实发生的原因，说明自己的理论时，尽量搜集各方面、各种学科的研究成果来佐证自己的观点，这样做无疑增加了新理论的可信性。看一下他1859年发表的《物种起源》一书，其材料的丰富和翔实充满字里行间，不难想见达尔文驾驭事实的功力深厚和用心良苦。