用十二生肖纪年，我国至少在南北朝时就开始了。但是，十二生肖是由何而来的呢?
我国古籍中记载，在我国古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法”，即用10个天干符号甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸和12个地支符号子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥相配合来纪年。而在我国西北地区的少数民族则以动物来纪年。以后，在中原同少数民族的交往中，两种纪年法相互融合在一起而形成了现在的十二生肖。这种关于十二生肖来历的解释，已经被许多人认可。
另外，关于十二生肖来历的说法：说在12地支中居奇数位的，和指或蹄也是奇数的动物相配，比如子位在第一位，与它相配的鼠是5个指。在地支中居偶数位的，则与指或蹄为偶数的动物相配，比如牛与丑相配，牛为4爪。叶世杰在《草木子》中，把十二生肖的来历解释为：术家以十二肖配十二辰，每肖都有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无瞳、猴无臀、鸡无肾、犬无胃、猪无筋，人则无不足。
其他的说法还有种种。诸如：黄帝要选拔12种动物在天上按时值班，通过竞赛而选中了鼠、午、虎等12种动物；十二生肖来源于原始社会一些氏族的图腾崇拜；十二生肖可能是从天竺引进的；或28个星宿分布周天，以值12个时辰。每个星宿都以一种动物命名。从每个时辰值班的动物中挑选某种常见的作某一年的代称等等，不一而足。
十二生肖的来历至今还是个谜。