还有较新而离奇的说法，如美国历史学家布里埃尔·杰克逊经过研究，认为莫扎特是遭受政治迫害而死的。这位历史学家说，莫扎特是位反法西斯主义者、国际主义者和反军国主义者，他因支持共济会这一左翼组织而遭到政府的迫害。但这种说法的市场似乎很小。相反，有人认为莫扎特正是死于共济会之手，因为这个扶贫激进的民间秘密组织对作曲家在歌剧《魔笛》中泄露了该组织的秘密而大为恼火，因而派人偷偷下了毒手。同样类似的社会性原因之说不断出现，1991年4月1日《参考消息》载文《莫扎特的故事》说，“实际上，莫扎特是被到处弄虚作假和冷漠者的那个时代杀害的。我们由莫扎特之死想到了莫里哀之死(莫里哀至死一直被人喝倒彩)”，这种说法自有其抽象的意义，我们由莫扎特之死则应想到《卡门》作者比才之死，不过这一观点毕竟不实在。
比较令人信服的说法是来自医生和医学专家们的研究。莫扎特死亡若不成其谜的话，那么有一点可以令人相信，莫扎特之死在于自身的原因，即死于某种疾病。至于死于何种疾病，则是争论的焦点。
权威的《新格罗夫音乐与音乐家辞典》代表了一般的观点，它认为两个维也纳名医克劳塞特和萨拉巴为莫扎特诊断的结果是严重的粟粒疹热，后期发展到痛风伤风，这与其病史及传记家们的描述大致相符，如美国的玛丽亚·达文波特的《莫扎特》曾记述了莫扎特死前胳膊大腿皆粗肿状，至少反映了此类病症的严重。上面提及的《参考消息》上的《莫扎特的故事》介绍了最新的说法，认为莫扎特在1791年11月18日参加共济会会议时感染上了链球菌。他逝世前两个钟头，全身痉挛，昏迷不醒，双颊肿胀，这是支气管炎症状；严重支气管炎患者往往是尿毒症患者。这种说法也许是最有力的研究，因为各种权威的资料都记载了一个共同点：莫扎特嗜好抽烟喝酒，患了支气管炎，也有尿毒症，电影《莫扎特》显示了这些症状。其他说法还有，如1991年2月11日《上海译报》摘译的《国际先驱论坛报》《莫扎特死因有新说》文中认为，莫扎特可能死于控制严重风湿病而施行的放血疗法，这种说法类似于戴维斯博士的一篇论文之说，莫扎特死于下列病症：链球菌感染造成的肾脏衰竭，被医生切开静脉放血，又大脑出血，最后死于晚期支气管炎。
传统的说法很多，如认为作曲家死于粟粒疹热、死于神经衰弱、死于肺病、死于放血和灌肠及其他错误的治疗方法等等，由此我们可以推断，莫扎特最终患了不止一种疾病，他那无规律的生活作风和不擅理财治家的妻子对他健康的日益损坏都有客观的影响，因而导致了他的早逝。
1791年12月5日，门外大雪纷飞(资料表明当时却没有暴风雪或阴雨)，他挣扎着想写点儿什么，但未能如愿，不久就停止了呼吸，他把一切都献给了大地。这位作曲家死前备受困苦，死后葬仪又那么凄凉，送葬的只有三五人。他的妻子卧病在床，送葬者到了墓坑边上便匆匆离去。只有上帝和一个掘墓的老头儿目睹了作曲家的坟墓。这个老头子以为莫扎特是一个平民百姓，便胡乱地将那薄皮棺材埋在日后无法可查找的地方，埋葬在不久前死于一次瘟疫的许多维也纳人中间。他妻子病愈后不久便再嫁给一位瑞典的外交官。16年后，她发现其前夫是如此名闻天下，便良心发现，想到墓地去烧些灵纸，祭奠亡夫。但当她到了维也纳郊区的圣马克公墓时，却无法找到那坟墓。
伟大的莫扎特给人留下的形象永远是乐观向上、欢畅甜美的。尽管他生前备受生活和疾病困扰，死后又那么凄惨，甚至后世的研究者还把所有恶毒的病魔加到作曲家身上，但映射于他心灵的音乐令所有“具有莫扎特音乐爱好史”的人终生难忘。正如人们无法忘记那美妙的音乐一样，人们同样忘不了他那真正的艺术家的气质。
“他的音乐是永存的！”
围绕着他的死亡之因的争论也会永远存在下去。