李自成因一念之差，轻信吴三桂的诺言，从山海关撤兵回京，导致吴三桂引狼入室，携清兵数十万攻破北京城。李自成立足未稳，即遭惨重打击，一直节节败退。先退保定，再退山西，再退西安，后入川顺江东下，于江西、湖北境内被清兵打得溃不成军。
李自成率残兵败将，东进不成便向西南突围，在湖北通山县九宫山处，突遇当地乡兵袭击，李自成率众厮杀，不幸战死沙场。
李自成的归宿，在现今通行说法中是战死沙场；但在历史记载及史学界，却多年对此众说纷纭，莫衷一是。
而最为突出的一种观点认为，李自成并非战死，而是遁入空门，出家到湖南石门县夹山寺为僧。
说李自成最终在石门夹山寺为僧，其根据是《广虞初新志》所载《李自成墓》中记，乾隆年间澧州知州何王磷王根据对夹山寺《奉天玉和尚》塔的内容进行考证，断定奉天玉和尚就是李自成。李曾自称“奉天倡义大元帅”，则奉天玉当是李自成的法号无疑。而夹山寺庙内有奉天玉和尚遗像，其相貌与李自成酷似一人。
持李自成出家为僧观点的人认为，就当时形势分析，李自成虽溃不成军，但手下也有20万余众，被乡兵所杀似不可能。另外，朝廷一再传旨，要速得李自成首级，最终仍无一人所获。为此，朝廷对李自成战死的通报始终不信，怀疑是有人假传信使，虚报战功。
李自成最终是生不见人、死不见尸，其结局成为历史的一大疑案。