光绪皇帝和慈禧太后相继去世后，已经62岁的李莲英告老出宫，想在自己豪华的宅第里安度晚年，享享清福。李莲英在宫中几十年，受赏赐和贿赂敲诈，得了一笔巨大的财产。据有人估计，单是1900年至1908年这几年中，他在北京各银号存的白银就多达1600万两，相当于国库年收入的1/10。这就难怪，他告老回家后，兄弟、养子、侄子、侄女，远近亲戚，都向他索要财产了。
宣统皇帝即位后，摄政王载沣和一些王公大臣曾打算把李莲英治罪，没收他的财产。因为隆裕太后的干涉，李莲英才得幸免，平安出宫，并保住了财产。只是他在宫中的财产被没收。
1911年春天，64岁的李莲英“病死”。隆裕太后还特地赏赐2000两白银办丧事。当时的人都以为他是得病而死，还为他没有像他的前任安德海被杀而感到庆幸。李莲英的后代也一再说，其祖是善终，因得痢疾医治无效而亡。过去很多史书也是这么写的。
自从60年代掘墓以后，李莲英不是善终而是掉头而死，被许多人认可。问题是，如果是被杀，他又是被什么人、在什么地方、什么时间杀的，杀他的原因又是什么呢?
有人认为，李莲英可能是被革命党人杀的。他一生追随慈禧太后做了那么多卖国害人的坏事，早为民众所痛恨。他出宫时，正是革命党人要推翻清朝的活动高涨之日，已经多次暗杀清宫大员的革命党人肯定不会放过李莲英。
有人推测说，可能是朝廷下令杀死的。摄政王载沣是光绪皇帝的弟弟，曾免去了他痛恨的袁世凯的职务，对李莲英自然也恨之入骨，下令杀掉他易如反掌。但这种说法也难以成立，因为如果是朝廷所为，史料应有记载，而实际上没有。
比较一致的看法是，李莲英是因为财产过多引起关注而被杀的。李莲英自己就说过“财大祸也大”的话。据一些民间流传的说法，李莲英是因为讨债被人暗杀的。有的还具体讲出他死的地方在河北、山东交界处。这些说法虽无确实证据，可使人们有了可供查找的线索。李莲英死后，清朝不久也完结了。据说许多太监都把目光盯在李莲英的遗产上，想夺占一份。他们派人查遍京城和大城的银号，了解李莲英的存银，并因此引起争斗。这说明，李莲英的财产确实是众矢之的，他因此被杀，是很有可能的。
另一种猜测别出心裁，认为李莲英被砍头不是生前被杀，而是死后其家人所为。因为他自幼被阉割送入皇宫当太监，虽然后来权倾朝野、大出风头，但终究是个废人。在一般人眼里，他仍然是个下贱的宦官，不是个顶天立地的男子。这几乎是古人对所有当太监的人的共同看法，李莲英本人也这么想。他曾发誓来世要做个真正的男人，并嘱咐家人，在他死后，做个木制的生殖器安在下身，好让他在九泉之下有个男人的完整形体去见祖宗，但是他的家人没有这么办。他们认为李莲英作为阉人，有辱门风和祖先，因而在他死后，家人把他没有睾丸的身体割下抛弃了，只留下他那颗人头，埋入地下。
另外，还有些推测明显站不住脚。比如是否有人盗过墓，毁坏了遗体?据挖掘者目击，棺木打开时，被子整齐，里面有五十多件珍宝，包括钻石、扳指等贵重之物。如果有人盗过墓，为什么没有拿走?又比如说因年代久远，身体腐烂了，也是不可能的。人的骨骼耐腐性极强，几千年的古人遗骨尚能保存完好，李莲英从死亡到开棺，只五十几年，怎么会身体毫无踪影呢?而且，头颅保存完好，只是身体一丝不留，完全消失，也不可能。
李莲英身首分离的怪事，令人难解，至今没有确凿证据说明此事的来龙去脉。人们从中不仅对清朝末年宫廷内部的争斗有了进一步的了解，更对封建专制和太监制度给社会、给百姓、给当事人本身带来的危害和造成的悲剧，有了深刻的认识。这点，比弄清李莲英身死之谜更为重要。