传说爪哇中部一座小丘上满布石刻佛像，当地副总督赖菲尔斯深信不疑，1814年派遣英军工程师科尼利厄斯前往寻找。科尼利厄斯来到那座毫不起眼的小山丘上，只看到树木灌丛和怪石，不禁满腹狐疑，但还是遵照副总督的命令，吩咐手下动手发掘。
他们在酷热的丛林中艰苦发掘了两个月，连根拔掉数以吨计的树木，运走一车又一车泥土，依旧一无所获。后来有个工人发现了一尊雕工精细的石刻佛像，于是众人精神大振，继续努力，终于掘出一座浮屠，远比传说中的雄伟壮丽，令人叹为观止。
爪哇从公元740年前后开始，由夏连特拉王朝统治，在统治者的提倡下，人民的宗教热诚与日俱增。到公元800年，成千上万的人投身建造规模宏大、巧夺天工的浮屠。
“婆罗浮屠”意思是“山上的寺庙”，依整座山的山势建成。工匠雕琢1600多立方米石块，建成了这座宇宙的象征。其宏伟气势，只有在空中俯瞰才充分体会得到，那是当年的设计师和工匠无法领略的。
浮屠呈金字塔形，占地4亩，共分10层，每一层代表一个阶位，象征佛教徒从无知到最高境界涅槃的修行过程：底下6层为方坛。代表修行的最初阶段；上面4层为圆坛，象征渐次悟道的阶段；最高的是中央主佛塔，高出地面36米多，标志修行的最高境界。
从底下穿过全部廊道登上浮屠顶，全长4.8公里，回廊短小，转弯处成直角，雕带上刻有寓言故事，表达佛教的教义。整座浮屠满布壁龛，共有佛像数百尊。
婆罗浮屠完工后，成为夏连特拉王朝最重要的宗教圣地。公元930年，祸从天降，邻近的麦拉皮火山大喷发，涌出大量熔岩和火山灰，一夜之间把整座婆罗浮屠掩埋得严严密密，不留痕迹。
婆罗浮屠深埋地下，几近一千年，直到赖菲尔斯因传说产生好奇心，派人发掘，才得以重见天日，可惜赖菲尔斯离开爪哇后，发掘工作变得毫无计划，浮屠乏人照管，大批珍贵文物遭古董商盗去，石块则被当地人拿去盖房子，由于长年风吹雨打，浮屠表面受到侵蚀，地基开始损坏。
1900年，荷兰人统治爪哇，开始修复婆罗浮屠，荷兰工程师范埃普博士受命监督抢修工作，无奈经费支绌，两次世界大战又相继爆发，修复工作始终未能完成。
1973年，联合国教育科学文化组织展开婆罗浮屠的修复工程。工程耗资达2500万美元，历时10载，经700名工作人员努力，工程师采用了最先进的现代技术加以保护，浮屠终于重现昔日光辉。