在众多的自然之谜中，UFO是最大的一个谜，它最使人感到神秘莫测，引起了亿万人的强烈兴趣。可是，几十年来，UFO问题不仅没有明朗化，反而被搞得混乱不堪。虽然越来越多的公众相信部分UFO是外星人的飞碟，但正统的科学界(包括绝大多数科学家)和各国政府(法国等除外)，却否认飞碟的存在，认为UFO无非是一些探空气球、流星、虚无缥缈的幻影或未知的大气物理现象。确实，限于目击者的知识水平，大部分目击事件是把飞机、气球等当成飞碟，有些确实是一些未知的大气物理现象，如地光等等。1997年的8月初，美国的一家报纸曾发表文章称：在20世纪50年代出现的大量UFO现象，其实是美国军方进行的秘密实验。此话一出，引起世界一阵哗然。虽然如此，但美国军方并没有站出来证实这一点。除此之外，也确有相当一部分UFO是无法解释的，其中不少是科学家和飞行员目击的，难道一个天文学家能把一颗流星当作飞碟?难道飞机上所有人员都同时产生幻影?
UFO的一个特点是无法在实验室研究，也无任何公式可用，连确切的证据都没有。这正是它不为正统科学界承认的一个原因。人们习惯于借助电子和光学等等仪器提供数据，用公式演算分析去验证一个发现。但研究UFO，却无任何仪器可用，也无法重演，故很难使人接受。一架飞机在我们头顶飞过后，我们可以继续知道它在哪里，在它飞行
方向的下一个地方，人们也会看到飞机。但曾经是一个固态和有形的UFO，昨晚干扰了汽车、飞机以后，现在它在哪里?在它消失的方向上，可能再也没有人看到它，监视整个地区的雷达、红外探测器也没有发现它。事实上，它从现实中消失了。可见，对UFO的研究，同目前的传统科学有很大的差别。同时由于一批狂热的UFO主义者常常夸大其词，甚至弄虚作假，凭空杜撰与UFO接触事件，伪造UFO照片，结果使UFO研究声誉大跌，使大部分科学家对UFO现象产生反感，他们既无兴趣也无时间进行研究。在这种情况下，就很容易得出UFO根本不存在的结论。
否定论者往往用科学法则来说明UFO的不可能，如“大气中不可能有飞碟那样高的速度，否则就要产生冲击波”、“这么高的速度会把任何东西压碎”、“飞碟那么小，若是从别的星系飞来的，它的燃料放在什么地方”等等。他们还往往把爱因斯坦的相对论搬出来，指责“UFO研究不按科学规律行事”。如果笼统地问，爱因斯坦的相对论绝对正确吗?可能人人都会持否定态度，但在具体问题上就是另一回事了。现在人们正在努力研究统一理论和白洞问题，也有越来越多的人，倾向于瞬时完成宇宙航行，起码不需要原来认为的那么多时间。UFO否定论者曾嘲笑说：“对于UFO研究者来说，只要有解决不了的问题存在，那就需要修改现代科学的理论。”
英国“飞碟”研究协会曾就这个问题，对所收集的“飞碟”资料中有关“飞碟”的特征加以分类、比较和研究，结果认为传说中那种神话般的“飞碟”现象是不存在的。现在看来“飞碟”并不是什么“天外技术”的具体表现形式，可能是发生在地球上的一种自然现象。它的出现与地理条件关系密切，有可能是一种不明大气现象。例如，某些材料中谈到的一种“飞碟”呈卵形、直径1~3米、绕主轴旋转、接近地面并发出大面积电磁辐射的就属这类。现在科学家利用一定手段已能证实它的存在。并把它命名为“不明大气现象”(VAP),以便与可能存在的“飞碟”(UFO)相区别。
总之，“飞碟”现象是值得探讨的，它是一门值得研究的科学。
当然，科学界的大势仍是对UFO实在性的怀疑。但“观察事实”却导出了“地外宇宙飞船”的假说。美国声望很高的UFO学者J·哈依内克博士，曾是一位有力的否定论者，但他接触了大量的目击报告和目击者后改变了态度。他曾担任过大学天文系主任、天文台台长等一系列科学职务。1976年，他在伊利诺州UFO研究中心对采访记者说：“对这样的资料假装不知，直到否定目击者的人格，这是科学家的良心所不允许的；轻蔑与无视，绝不是科学方法的一部分。”
看来UFO存在与否的科学争论，在未来还会长期地进行下去。但是有一点是确定的，轻易地否定，结果并不能改变轻易的肯定，这样做是不科学的。