饲料堆沤发酵是一个极其复杂的生物生化过程。在适宜的条件下，不同微生物交错配合作用，有机物被逐渐分解，其过程通常可分为三个阶段：
前熟期：即当饲料堆内温度达到 20~40℃时，有机物中的糖类、蛋白质、氨基酸等首先被细菌分解，随之细菌大量繁殖生长，料堆温度也逐渐上升。当温度上升到 600℃时，低温细菌便被高温细菌所代替。
纤维素分解期：饲料堆内随着时间的推移，堆内温度逐渐上升。当堆内温度达到 70℃以上时，好氧性细菌和放线菌大量活动、繁殖，纤维素外包围的一层木质素壳被上述微生物作用破坏，纤维素被暴露出来后即可由纤维素分解菌所分解。纤维素被分解为有机酸和能源。不过，这个分解过程是在厌氧的条件下进行的。
木质素分解期：当堆沤的饲料堆内的温度由80℃下降60℃时，木质素被分解木质素的菌类分解，发酵为呈黑褐色的碎片。
饲料通过堆沤，在各种微生物的作用下发酵分解。这时的饲料，可以凭借感官看出饲料是否已发酵腐熟。发酵腐熟好的饲料，其色泽为黑褐色，无什么异味，质地松软，不黏滞。不过已发酵腐熟好的饲料，因饲料在发酵过程中会产生许多有害气体，并且会有少量有害气体溶于饲料的水分中，或游离在饲料之间的空隙里。另外，因有许多饲料来源复杂，或许含有某些无机盐类、农药和化肥等有害物质。因此，在饲料投喂前必须进行处理。可将发酵好的饲料堆压实，用清水从料堆上部喷淋冲洗，直到饲料堆底流出水来。当然最好用已处理好的饲料，试投放到饲育箱或床上，约经1~2昼夜后，如果有大量蚯蚓自由进出取食、栖息，并且无任何异常反应，说明饲料已发酵腐熟，无任何问题，则可大量投喂。
下面介绍饲料堆沤的具体方法和注意事项。
饲料堆沤的方法：原料为草料40%、粪料60%和适量的土。草料层厚约6~9厘米，粪料层厚约 3~6厘米。草料和粪料应交替铺放，交替铺垫3~5层后，在堆面浇喷水，直至料堆渗出水来为止，然后重复铺放3~5层，再浇水。饲料堆高度约 1米左右，堆得太高或过低都对分解发酵不利。饲料堆堆得太高，不容易倒翻料堆，并由于料的本身重量压力使料之间的空隙减少，空气流通不好，成为厌氧状态，饲料分解发酵不好，尤其当气候炎热，过大的饲料堆虽能使料堆内温度升高，反而有害，不利于分解菌的生长和繁殖；相反，饲料堆堆得过低，则热量很容易散发，不宜于微生物的生长和繁殖。料堆没
有一定的高温，不能杀灭病菌、虫卵以及各种杂草种子。饲料堆制的形状和大小，可因天气、地理而异。天气干燥季节，可以堆成平顶拱些即可(图25)；在雨季，则可采取圆顶形(图 26)；大规模、大量堆积饲料，则可采用长条形 (图27)，在饲料堆底部可用木条、粗竹竿等制作成一个三角形的通气管。在天气干燥时，料堆横截面可堆成梯形；在雨季，则料堆截面可制作为半圆形。
通常在温暖季节里堆制的饲料堆，堆积到第二天，堆内温度会逐渐上升；7天以后，料堆的饲料急剧分解、发酵，早晚有时可以看见料堆上“冒白烟”。料堆里的饲料发酵达到高潮以后，便逐渐降温；当料堆内的温度降至 50℃左右时便可进行第一次翻堆。翻料堆时应注意，首先将料堆四周和上面表层未发酵腐熟的饲料收集到一块，再将已分解发酵腐熟的饲料均匀混合。如发现结块的饲料应捣碎、弄细，然后再重新堆积，适量喷洒水，适量添加些可溶性氮素(如氨水、尿素等化肥)，但要混匀撒匀。在饲料堆上面可以用苇帘、草帘或杂草、麦秸、稻草覆盖，一则可以防止热能的散失，起到保温的作用；另则也可防止料堆水分蒸发和雨水的灌人。如料堆因发酵腐熟后上面塌陷时，则要及时用四周的饲料填平，以防雨水的渗入而影响料堆的分解和发酵。堆料堆到半个月后进行第二次翻堆，为的是使料堆全部彻底的分解和发酵。第二次翻堆后可以继续翻堆3~6次，每隔5天、3天和2 天翻堆一次，这样堆制的饲料就可以完全分解发酵腐熟了。
我们在堆制饲料发酵堆时要因地制宜，要考虑选择取水容易、运输方便、暖和、避风寒的地方建堆。因为如果建在风口，空气流动快的地方，水分容易蒸发，料堆中的温度不易于保持，不宜于细菌微生物的活动，从而影响料堆的分解和发酵。尤其在初春和人冬季节要特别注意。在夏天高温季节建堆，要注意料堆避免阳光直射，因为这样会使料堆养分丧失，有机物含量减少。应选择在冬暖夏凉的地方堆料。